Zum einen war der Konflikt zwischen Usbeken auf der einen sowie Kasachen und Kirgisen auf der anderen Seite wieder aufgeflammt. Anlaß hierfür war das Gerücht, daß im OTWV je ein Kasache und Kirgise aus nichtigen Gründen hingerichtet worden seien. Die Unruhe unter den nichtusbekischen Legionären im OTWV nahm derart zu, daß Olzscha sich schriftlich beim deutschen Kommandeur des Waffenverbands nach dem Hintergrund dieses Gerüchtes erkundigte, woraufhin dieser Nachforschungen anstellen ließ. Von einem untergeordneten Offizier erhielt er die Antwort, daß im Oktober und November 1944 nur einige Legionäre wegen Vergewaltigung („Notzuchtverbrechen“) und anderer Dienstvergehen hingerichtet worden seien. Unter diesen seien jeweils zwei Usbeken und Kasachen sowie ein Kirgise gewesen, von einer Benachteiligung der beiden letztgenannten Nationalitäten könne mithin keine Rede sein.
Turkistanische Zeitung "Jani-Türkistan" (21. Dezember 1944)
Entscheidend für das Schicksal des OTWV war die Desertion fast des gesamten turkestanischen Regiments des OTWV unter seinem usbekischen Kommandeur
Gulam Alimow am 25. Dezember 1944. Unter seinem Kommando waren etwa 500 Turkestaner in die Wälder gezogen und hatten sich slowakischen Partisanen
angeschlossen. Einige der „ausgebrochenen“ Soldaten wurden von deutscher Seite aufgegriffen, andere kehrten von selbst zurück. Aus den Berichten
mehrerer Rückkehrer ließ sich schliessen, daß diese über das Vorhaben ihres Regimentskommandeurs nicht informiert waren.
Über die genauen Motive des Überläufers Gulam Alimow gab es verschiedene Theorien. Harun-el-Raschid, der deutsche Kommandeur des OTWV, bemühte sich
in seinem Bericht an Olzscha zu erklären, daß „der ganze Vorgang nicht ein Vorgang ‚Turkistaner‘ und ‚Truppe‘, sondern eben ein Vorgang ‚Alimow und
seine Clique‘“ gewesen, also persönliche Motive ausschlaggebend gewesen seien.
Es gibt tatsächlich einige Hinweise darauf, daß Alimow sich in seiner Eigenschaft als Kommandeur durch die Praxis einiger deutscher Kommandeure,
Nichtusbeken im OTWV gezielt zu fördern, zurückgesetzt fühlte. So hatte er am 24. Dezember 1944, einen Tag vor seiner Desertation zu den slowakischen
Partisanen, in einem Brief an Harun-el-Raschid noch darum gebeten, vom SS-Hauptamt geschickte (offensichtlich nichtusbekische) Offiziersanwärter
wegen Unfähigkeit zurückzuschicken.
Gulam Alimow (November 1944 vor dem Gymnasium Myjava)
Harun-el-Raschid machte neben dem Konflikt zwischen Usbeken und Nichtusbeken noch weitere Ursachen für das Überlaufen verantwortlich, etwa die Tatsache, daß die Soldaten des OTWV bei der slowakischen Zivilbevölkerung untergebracht werden mußten, mit der sie sich auf Russisch gut verständigen konnten und von der sie antideutsche Ansichten übernommen haben könnten. Weiterhin führte er gesteigerten Alkoholgenuß und andere Gründe an.
Angehörige des Osttürkischen Waffenverbandes der SS waren zum Teil bei der slowakischen Zivilbevölkerung einquartiert
Allerdings gibt es auch einige Hinweise darauf, daß die Flucht andere Ursachen hatte. Schon mehrere Monate vor seiner Flucht soll Alimow Landsleuten gegenüber von Fluchtplänen gesprochen haben, und bereits im Juni 1944 soll er von Wien aus mit der sowjetischen Seite Kontakt aufgenommen haben. Die Tatsache, daß der sowjetische Führer der slowakischen Partisanen Alimow lobend hervorhob, könnte auf frühere Kontakte mit der sowjetischen Seite hinweisen. Sicherlich hat auch der bevorstehende militärische Zusammenbruch des NS-Regimes, der sich Ende 1944 schon deutlich abzeichnete, eine Rolle gespielt. Die Desertation Alimows bereitete dem OTWV ein Ende, da die SS nun den turkstämmigen Soldaten grundsätzlich nicht mehr trauen wollte. Aufschlußreich sind in diesem Zusammenhang die Beurteilungen Harun-el-Raschids: nach seiner Auffassung waren einzig die Aserbeidschaner im deutschen Sinne „zuverlässig“; seine Einschätzung der Tataren und Baschkiren (die Harun-el-Raschid als „Idel-Uralier“ bezeichnete) war grundsätzlich negativ:
„Ich weise hier darauf hin, daß bei den Idel-Ural-Tataren, die großenteils ihre eigene Sprache garnicht mehr beherrschen und nur noch russisch sprechen, die Russifizierung entschieden am weitesten vorgeschritten ist. Ich kann die Idel-Ural-Tataren weder als Nichtrussen noch etwa als Mohammedaner (in geringem Prozentsatz bezeichnen sie sich selbst als Christen) ansehen. Sie sind religiös vollkommen negativ, im übrigen stark bolschewistisch infiziert.“
Aufgrund dieser Einschätzung ließ der deutsche Kommandeur die wolgatatarische Waffengruppe entwaffnen, und letztendlich war dies das Ende des OTWV. Zwar wurden noch bis Anfang April 1945 einzelne Angehörige von Turkvölkern rekrutiert, doch gleichzeitig nahmen auch die Desertation immer mehr zu.